A organização da ONU Jovem ocorre por meio da formação de duplas que representam uma mesma entidade/instituição ou país, sendo denominados “delegação” (exemplo: Delegação da República Federativa do Brasil). Os comitês são gerenciados por uma mesa diretora, constituída por discentes e ex-alunos, sob a orientação dos professores da área de Humanas e supervisão de todo o corpo docente presente em cada dia do evento.
Para que cada comitê cumpra, de forma satisfatória, o objetivo da simulação, é necessário que cada aluno pesquise, de maneira aprofundada, o tema que irá discutir, o posicionamento do país que irá representar e ter ciência dos principais atores envolvidos nas negociações, além de buscar compreender os valores e a cultura de sua delegação.